侵权房屋如遇拆迁时，真正的所有权人应该是被拆迁人，拆迁补偿应该归其所有。问题是，当侵权房屋被善意第三人承租后用于商业经营的情况下，应否对该承租人给予补偿。对此应区分不同情况：其一，如果补偿方式系产权调换，则应允许该承租人继续承租，此即所谓“拆迁不破租赁”；其二，如果补偿方式是货币补偿，则是否应允许承租人对被拆迁人所得停产停业损失费分得适当部分呢？关于这一问题，现行《城市房屋拆迁管理条例》第三十三条规定，因拆迁非住宅房屋造成停产、停业的，拆迁人应当给予适当补偿。该条款并没有明确该“适当补偿”到底应该给谁。笔者以为，根据拆迁标的物上存在的租赁关系的实际情况，出租人因拆迁而被迫停止了出租，因此，他是有停业损失的；而承租人租房本来是用来商业经营的，现在也因拆迁而无法继续经营，因此，承租人也有停业的损失。根据这种情况，应该将停产停业损失补助费在被拆迁人和承租人之间进行分配，在具体的分配比例上因出租人是拆迁关系的当事人且是其自己的房子被拆，因此可以考虑给被拆迁人（出租人）适当多分一些，但一定不能漠视承租人因停产停业所受的利益损失。
此外，在权利不明的房屋被拆迁而提存拆迁补偿款之后，如果找到了真正的权利人，则该笔提存的补偿款应该归权利人。但应从中扣除提存的相关费用。余下的部分，如果该房屋出租用于商业经营，则也应该将补偿款中的停产停业损失补助费适当分给承租人以弥补其停产停业损失。
拆除未超过批准期限的临时建筑，按照其建筑面积的重置成新价结合剩余期限给予补偿。临时性建筑因其独特性，一般不会存在租赁关系。例外情况下，会有用于居住的租赁关系存在。这种情况下的拆迁补偿分配，应该按照如下的方式进行：首先，因拆迁而给付的货币补偿金应归被拆迁人所有；其次，对于承租该临时性房屋用于居住的承租人，因其没有停产停业损失，故该承租人不能参与补偿利益的分配。
对于欠缺相关权利手续的农村自建房而言，拆迁补偿的利益分配应该将集体土地的征收和农民自建房分开进行。对于集体土地的征收而言，集体经济组织是被征收人，土地的补偿金应该归集体经济组织。至于被征收土地的补偿金是否应在村民之间进行分配以及怎么分配的问题，可以通过村民大会或村民代表大会来决定。对于房屋而言，一方面如果其所在区域已被纳入城市规划，则应该参照城市房屋的拆迁补偿进行。具体来说，房屋的所有者是被拆迁人，就该房屋的拆迁补偿金或调换房屋属于该被拆迁人，但在调换房屋的情况下，原承租人还有权继续承租。搬迁补助费应归被拆迁房屋的承租人。如果承租房屋被用作农村中的门面房进行商业经营（如小卖部、汽车修理部等），则对该房屋应该比照城市房屋拆迁中的非住宅房屋，给予被拆迁人停产停业损失补助费，而承租人作为利害关系人也有权利从被拆迁人处分得一部分停产停业损失补助费。另一方面，即使房屋所在区域没有被纳入城市规划，其拆迁补偿项目也不应有所不同，只是在货币补偿的情况下，要对被拆房屋按照同等地段同等房屋的价格标准给予补偿，因而补偿价款可能较少而已。
对于缺乏相关权利手续的城市国有土地上的房屋，房屋的货币补偿款或调换房屋的产权仍然应该归被拆迁房屋的真正所有权人。但因其缺乏相关的权利取得手续，在确定其被拆迁人资格时，拆迁人需要慎重。在调换产权的情况下，如果有过渡期，则拆迁人提供的周转房或支付的临时安置补助费应该归房屋的承租人支配，但承租人仍然应该向出租人支付租金。拆迁补偿中的搬迁补助费仍然应该归房屋的承租人所有。另外，城市国有土地上的房屋如果欠缺相关权利手续，一般无法出租用于商业经营，因为无证房屋很难进行商号登记。但实践中，有人采取迂回方式，租此处的无证房屋（无证房屋租金可能较低），在彼处进行商号登记。所以此时的被拆迁房屋仍然可能被视为是用于商业经营的非住宅房屋，从而也会得到所谓的“停产停业损失补助费”。但是，这种情况下的停产停业损失补助费数额一般较低。此时，因承租人在租赁的当时就应该得知该房屋是欠缺相关权利手续的瑕疵房屋，故而难谓善意，因此他不应该参与分配此处的停产停业损失补助费；或者即使他参与分配，也只能分到很少的部分。
